2009年10月22日木曜日

メモ: CentOS ffmpeg インストール

su
wget http://dag.wieers.com/rpm/packages/rpmforge-release/rpmforge-release-0.3.6-1.el5.rf.x86_64.rpm
rpm -Uvh rpmforge-release-0.3.6-1.el5.rf.x86_64.rpm
vi /etc/yum.repos.d/rpmforge.repo

enabled = 1

enabled = 0

yum --enablerepo=rpmforge install ffmpeg

2009年10月2日金曜日

Dell Latitude D520 CentOS バックライト消去

今日は親知らずの抜歯の後が腫れて痛みます。疼痛に耐えかねどうも研究に集
中できません。そこで、最近行ったサーバ管理のメモを公開することにしまし
た。お役に立てば。

 Windows端末として使用していたDell Latitude D520をLinuxサーバに転用す
ることにしました。
OSはCentOS5.1(x86_64版)です。インストールはグラフィックドライバのところ
に注意。下記のブログなどが参考になりました。

■My Memoday 「NVIDIAグラフィックドライバ x86_64 Linux」
http://blogs.yahoo.co.jp/touchan_since1971/44838044.html

 上のサイトにある方法ではinit 5でx をスタートさせていますが、それでダメ
ならstartxで起動するはずです。
 
 サーバ用途ですので、基本的に常時稼働です。しかし、バックライトは消えて
欲しいものです。その設定にはacpiを使用します。

/etc/acpi/events/video.conf

にある、

#event=video.*
#action=/usr/sbin/vbetool dpms on

上記2行を、有効にします。

event=video.*
action=/usr/sbin/vbetool dpms on

以上の設定で、蓋を閉じるとバックライトが消灯するようになります。めでたし。
 かつての愛用機Inspiron 8000はバックライト常時点灯のままサーバ運用して
いた。当然、液晶が駄目になりました。若かりし頃の遠い思い出。

 なお、bootの際のカーネルオプションでacpi=off, apm=onとする設定が、いく
つかのWebサイトにありますが、この機種などでacpiをoffにするとCPU
(Core2Duo)がシングル・コアとして認識されてしまうので、ご注意。


 
 



Nebula3 セットアップ on CentOS 5.1

Moongiftで紹介されていたWebファイルストレージサービスNebula3のインストー
ル・メモ。OSはCentOS 5.1 x86_64版です。
完全に消化しきれたわけではありませんが、使える状態になりましたので、メモ
を公開します。
パスワードは?やxで伏せてあります。もちろん任意ですので適当な値を入れてく
ださい。

■Moongift記事「Webベースのファイルストレージ「Nebula」」
http://www.moongift.jp/2009/09/nebula/

■Nebula3 -free web file stroage in PHP
http://postfactum.pl.ua/nebula/

0. ファイル取得・配置

wget http://postfactum.pl.ua/nebula3/download.php?q=f06f5166df01d0bfad28ba4cc434a71c

bzip2 -d nebula3-stable7.tar.bz2
tar xvf nebula3-stable7.tar.bz2
su
mv nebula3 /var/www/html/ (ディレクトリは任意です。ここでは/var/www/html
にインストールしたとします)

1. 必要なシステム、ライブラリ等のインストール

su
yum -y install mysql
yum -y install mysql-server
yum -y install httpd
yum -y install php
yum -y install flex libxml2-devel
yum -y install zlib-devel libpng-devel
yum -y install libjpeg-devel
yum -y install php php-mysql php-mbstring php-pear php-gd

2. mysql, apacheサービス開始

/etc/init.d/mysqld start
/etc/init.d/httpd start

3. mysql設定

mysql -u root
/>UPDATE mysql.user
/>SET Password=PASSWORD('????????')
/>WHERE User='root';
/>FLUSH PRIVILEGES;
/>DELETE FROM mysql.user WHERE user='';
/>FLUSH PRIVILEGES;
/>GRANT ALL ON *.* TO nebula3
/>IDENTIFIED BY 'xxxxxxxx';

mysqladmin create nebula3_files

4. /var/www/html/nebula3/config.php の編集

$envir['mysqlpassword'] = 'nebula3password';
$envir['mysqlnebuladatabase'] = 'nebula3';
$envir['nebulasite'] = 'http://nebula3/';

$envir['mysqlpassword'] = 'xxxxxxxxx';
$envir['mysqlnebuladatabase'] = 'nebula3_files';
$envir['nebulasite'] = 'http://サーバURL/nebula3/';

に変更。


4. 下記webサイト「CentOSサーバ構築術 文具堂」を参考にphpMyAdminをインス
トール
http://centos.bungu-do.jp/2007/05/centos_mysql.html

※上記リンク、不都合でしたらご一報下さい。

5. 80番ポート開放
System->管理->セキュリティレベルとファイアウォールの設定->rootパスワード
入力->ファイアウォールのオプション->WWW(HTTP)をオン-> OK

6. phpMyAdminからnebula3.sqlをインポート

ブラウザでhttp://サーバURL/phpMyAdmin/
ID: root
PW: ????????(mysqlのrootのパスワード)
nebula3_files->インポート->テキストファイルの位置->
/var/www/html/nebula3/install/nebula3.sql を選択->「実行する」の順で押下

7. /var/www/html/nebula3/usersのアクセス権など変更
chown apache /var/www/html/nebula3/users
chgrp apache /var/www/html/nebula3/users
chmod 755 /var/www/html/nebula3/users

8.ブラウザで下記URLにアクセス
http://サーバURL/nebula3/

管理者ID(admin)で初期パスワード(admin)でログイン

9. 管理者アカウントの初期パスワードを変更

Home画面右上「Options」を押下すると設定変更画面に入ります。新しい
Passwordを入力し「Save」を押下。

[所感]

1. 期待していた複数ファイルの一括アップロード機能は無かった。
2.アップロードの際のウィルスチェック機能もなかった。
3. フォルダ作成機能もなし。ファイルアップロード時にTagなどを付けてTagsや
Searchで収集するという使い方らしい。
4. 日本語ファイル名はアップロード、ダウンロードともに問題なかった。

管理者側の視点としては、長期使用を前提とした場合、ウィルスチェック機能や
フォルダ作成を実装したMooldeのファイル管理システムの方がすぐれていると感
じる。短期的には実装が簡単なnebula3に軍配が上る。
また、ユーザの使いやすさからでは、機能が単純化されたNebulaが一枚上。ド
キュメントもシンプルに書けるだろう。
あと、アップロードしたユーザが誰か分るのが良い。またWeb上のremoteファイ
ルも管理できるのも大きな利点と言える。
家庭用など、個人的な使用に向いている。というのは、仕事で使うファイル管理
システムはウィルスチェック機能がないと、やはり厳しいためだ。

【追記】
どうやらアップロード可能なファイルサイズに上限があるらしい。2MB以上のファイルをアップしようとすると、「Please specify file name」または「File uploading error」とでる。どちらのエラーメッセージが出るかは、ファイルサイズによるらしく、分水麓は8MB前後とみたがどうか。稼働中のMoodleは100MBまで。上限2MBでは、今時写真の置き場にもならないね。どうしたものか。


2009年9月29日火曜日

本日の御言葉

-もし計算が候補分子を実際に合成し試験するのに比べて長い時間を要するなら
ば、少なくとも実用的な観点からは計算を行う意味はほとんどない。-

「分子モデリング概説(AR.リーチ著 地人書館)」 p569より。最近のペプチド自
動合成機は性能が良いらしいので、生理活性ペプチドのin silico設計は廃れて
いく運命なのでしょう。はぁ。

2009年9月25日金曜日

分子モデリング・シミュレーション考(2)

 しかしながら、生体分子系のモデリングを前提とする場合、量子化学計算は必
ずしも第一選択ではない。その理由はたった1つで、その膨大な計算コストのた
め、である。モデリングの対象となる生体分子は、酵素やたんぱく分子の複合体
といった、ある程度の大きさを持った分子であることが多い(もちろん、特殊な
研究やレポート課題などで、DNAやペプチド等の小さな分子を扱うことがある
が、これらは研究おいては稀なケースと捉えて差し支えない)。なお、かつての
量子化学計算では、計算に溶媒や温度の効果を考慮する場合に理論的な整合性や
実装コストの高さが問題となっていたが、多数の理論構築(しばしば「理論武
装」とも呼ばれる)とそのアルゴリズム化によって、ある程度達成している。し
かしながら、計算機の性能も大幅な進歩を遂げていはいるが、実験家を説得させ
るに充分な大きさの生体分子の量子化学計算には、圧倒的に不足している。計算
コストの問題は、研究計画に重大な影響を及ぼすため、この手法を扱うことは慎
重にならざるを得ないというのが現状である。なお、半径経験的分子軌道法をに
代表される大胆な近似法を採用した計算理論によって、計算コストの削減が試み
られているが、標準的な方法は確立されていない。
 現実的な観点(主に上述の計算コストの問題)から、生体分子をモデル化する
場合、分子力学法がスタンダードな方法となっている。分子力学法は、分子力場
法とも呼ばれ、系のエネルギーをシンプルなポテンシャル関数で表現する方法で
ある。シュレーディンガー方程式に対し、徹底的に単純化されたこのモデルは、
計算コストを大幅に節約できるため、生体分子を始めとする大きな分子系のモデ
ル構築に適用される。

2009年9月14日月曜日

休日日記

■9/12 雨のち曇
1) 家内が新型ipod nanoを購入のため、家族3人で駅前の大型電器店Bへ。カ
ラーを中心に実物をチェック。touchの無線LANにも惹かれたようだけど、100g超
の重量に断念。nano 16 GB ブルーに決定。
2) 電気屋Bのあと、格安のお寿司やさんへ。さんまがおいしい季節となりまし
た。娘の好物のレパートリーはいくら、まぐろ、ほたて、いなりずし。勢いあ
まって家内のかつおをつまみ食い。ショウガを口に含んでしまった。。
3) 家内の美容院の時間が迫ってきたので、駅前からタクシーで帰宅。話の面白
い、そして丁寧な運転手さんでした。感謝。
4) 家内が留守にしている最中、娘とお昼寝。特に寝かしつけはしなかったが、
添い寝だけで眠ってしまった。至福に感謝。
5) 2件目のお店Dで在庫を確保しておいたブルーの16Gを無事に購入。家内が土壇
場で「紫のを見たい」と言い出す。すると、突如その場にいた店員たちに緊迫が
走った。理由は定かでないが、「紫は他のお客の予約済みだから見せるだけで。
絶対に売るな」「ブルーと紫はよく似ているから気をつけて」といったところだ
ろう。
6) 発売が突然だったようで、今回のリニューアルの内容をきちんと理解してい
る店員さんは皆無でした。私が「新型nanoに、スピーカー、ついたんですよ
ね?」と聞くと、「この機種はイヤホンで聞きますから。。」等と頼りなさげに
返答されました。あまりにアピールが少なく目立ちませんが、スピーカー、つい
ていますよ。音楽はもちろん、FMラジオ、ビデオの音声も出せます。何かと便利
です。

P.S. しかし、静止画が撮れないのは、なぜでしょうか。技術的には可能な筈で
す。やっぱり盗撮マニア対策かな?「新型ipodで盗撮!」なんて新聞記事が出た
ら、Appleのイメージが損なわれるだろうから、意図的にデジカメ機能をキック
アウトしたのでしょう。しかし、卑劣な行為を取る人間には静止画動画は関係な
いとも思えます。一部の人間の品性の低下が文明の発展の足を引っ張っている。
卑近な例だけど、どうも当てはまりそう。とても残念だ。

■9/13 晴
1) 農園にぶどう狩りにいきました。昨年に続き2回目。
2) 大きめのを2房+入園料(ぶどう試食付き)で、約3000円。
4) 品種はマスカット・オブ・アレキサンドリアと「翠峰」。残念ながらニュー
ピオーネは全体的に小振り。長梅雨だったせいかな?
5) 試食でおいしかったのは、「紅かおり」。ぶどうなのに、砂糖の香りがします。
6) 農園のお兄さんの、ぶどうへの熱い思いが伝わりました。おかげで枝を切断
する時に緊張してしまった。
7) できれば10月にもう一度行きたいなあ。去年のピオーネよ、もう一度!
8) 帰りの車中、家内のipodから森山直太朗さんの「夏の終わり」が流れまし
た。この季節の夕暮れにとても良く合う、佳曲です。
9) それにしても、娘ひとりで何十粒食べたことか。。農家の方に感謝せいよ。

P.S. 晩夏の寂しさを秋の味覚で紛らわすような、そんな休日でした。食べてい
ればご機嫌、というのは娘だけでは無いようです。

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