メモ

研究対象の某がんマーカーの2量体モデル構築。休み明けの自分にメモ

ファイル名：「 05.B99990003cb05_07.pdb」Mod9v4でD600,K601を補完し2量体テンプレートPDBにsupuerimposeして2量体化した。
あとはマニュアル処理で各鎖のファイル上の位置の変更、アミノ酸番号の修正などを行った
1) ZN,Ca,Cl-のアミノ酸名、原子名を置換。スクリプト処理。２量体になっているので注意。
2)　アミノ酸残基番号の変更は修正済みなので必要ない。
3)　糖鎖付加しているASNのアミノ酸番号を把握してNLNに置換しておく。
4)　Leapで処理。まずはexplcit waterで。→エネルギー極小化。2量体化の結果一部の糖鎖とたんぱくが衝突しているので注意

こんなものかな。