メモ

研究対象の某がんマーカーの2量体モデル構築。休み明けの自分にメモ

ファイル名：「 05.B99990003cb05_07.pdb」Mod9v4でD600,K601を補完し2量体テンプレートPDBにsupuerimposeして2量体化した。
あとはマニュアル処理で各鎖のファイル上の位置の変更、アミノ酸番号の修正などを行った
1) ZN,Ca,Cl-のアミノ酸名、原子名を置換。スクリプト処理。２量体になっているので注意。
2)　アミノ酸残基番号の変更は修正済みなので必要ない。
3)　糖鎖付加しているASNのアミノ酸番号を把握してNLNに置換しておく。
4)　Leapで処理。まずはexplcit waterで。→エネルギー極小化。2量体化の結果一部の糖鎖とたんぱくが衝突しているので注意

こんなものかな。

近況報告

1) 2才半になった娘と初キャンプ。初日は好天に恵まれ、川辺で花火大会＆お祭りで大興奮。なかなか寝付けず午後11時半にやっと就寝。その夜半から大雨。翌日も雨脚衰えず、文字通り止むを得ずに撤収。今年の天候は不順だ。また、晴れの日にいけたらいいね。
2) キャンプの翌日に詠んだ一句。「夏しぐれ　大風去って　蝉しぐれ」
3) 酒井法子事件は悉く不快なノイズでしかないので最早シャットアウトしたい。こんな時は、日本にやって来た外国人になったつもりで過ごすと良いかもね。「まー大騒ぎですなー。でも、日本の壱芸能人のことでしょ。興味ないねー。」という心境になりたい。私にとってはNHK大河ドラマ「利家とまつ」での好演が最後となりました。本人にとっては、20数年に渡り清純幻想を築き上げ、自らそれに引導を渡した。たった、それだけのこと。しかし、彼女の愛息はどうなるのだろうか。やっぱり、気になるなぁ。
4) Aのラストサマー、無事に終了したとのこと※。ぱちぱち。私は、家族とキャンプしてました。
5) 「おばあちゃんとおじいちゃんに会いたい」との娘のひと言により、夏期休暇を取って実家に帰ることになりました。娘と2人だけで、しかも飛行機でなんて、初めてだらけの帰郷となります。お父さんとの絆が深まれば良いね。ちなみに、体重を今日測定したところ、13.38kgでした。出生時から、おおよそプラス10kgです。フライトは明日。晴れるといいな。

※セットリストみたら、80年代の曲がほとんどでした。まるで「僕らの全盛期は80年代でした」と開き直ってしまったよう。聞き直してみると、90年代はもちろん、00年代に入っても名曲は出ている。汗涙以前の80年代はレコードの売り上げはあったけども、その後の音楽性、メッセージ性の深まりから、彼らにとってその時代は助走に過ぎなかったことが分かります。特に90年代に出た作品は圧巻の仕上がり、まさしく「円熟期」とと言えます。チケット取れなかった私のお仲間3000人が場外エリアに大挙したとのこと。このバンドの底力を感じます。集まった往年のファンのためにも、「星降る夜に」はぜひ演奏して欲しかった。私は全部で6回(1991,1992,1993,1994,1996,1998)参加できました。本当に、ありがとう。

某巨額グラント

某巨額グラント申請の結果が出たが落選のもよう。そもそも中心研究者として発ったボスは当初から現実を理解しており、採択される可能性は先ずないと考えていた。しかし、お上の勧めでやむを得ず申請し、私も一部協力するはめになった。驚くべきことは、今回の申請での協力者の一部に、一次審査は通るだろうと予想していた人たちいたことだ。彼らの予想の根拠は唯一、「お上の勧めがあったこと」だ。申請数を増やしておけば研究者の需要が大きいことになるから、巨額グラントの意義を国民に説明する場合の好材料となる。S特区の時と同じく、お上の意図はその程度の事だったのだ。「お上の勧め→優遇処置がある」という論理展開はあまりに前時代的で稚拙だ。Nature, ScienceやCellに１報は出ていないと一次審査すら難しいと悲観的(結果が出た今となっては「現実的」ということだったが)な私とは対象的であった。見通しが甘い人たちと今後も一緒に仕事していくのは難しいと感じた一方で、やはりボスは、見所があると思った。ボスがリタイヤするまでは出来ればこのプロジェクトにいたいと思う。