メモ

研究対象の某がんマーカーの2量体モデル構築。休み明けの自分にメモ

ファイル名：「 05.B99990003cb05_07.pdb」Mod9v4でD600,K601を補完し2量体テンプレートPDBにsupuerimposeして2量体化した。
あとはマニュアル処理で各鎖のファイル上の位置の変更、アミノ酸番号の修正などを行った
1) ZN,Ca,Cl-のアミノ酸名、原子名を置換。スクリプト処理。２量体になっているので注意。
2)　アミノ酸残基番号の変更は修正済みなので必要ない。
3)　糖鎖付加しているASNのアミノ酸番号を把握してNLNに置換しておく。
4)　Leapで処理。まずはexplcit waterで。→エネルギー極小化。2量体化の結果一部の糖鎖とたんぱくが衝突しているので注意

こんなものかな。

近況報告

1) 2才半になった娘と初キャンプ。初日は好天に恵まれ、川辺で花火大会＆お祭りで大興奮。なかなか寝付けず午後11時半にやっと就寝。その夜半から大雨。翌日も雨脚衰えず、文字通り止むを得ずに撤収。今年の天候は不順だ。また、晴れの日にいけたらいいね。
2) キャンプの翌日に詠んだ一句。「夏しぐれ　大風去って　蝉しぐれ」
3) 酒井法子事件は悉く不快なノイズでしかないので最早シャットアウトしたい。こんな時は、日本にやって来た外国人になったつもりで過ごすと良いかもね。「まー大騒ぎですなー。でも、日本の壱芸能人のことでしょ。興味ないねー。」という心境になりたい。私にとってはNHK大河ドラマ「利家とまつ」での好演が最後となりました。本人にとっては、20数年に渡り清純幻想を築き上げ、自らそれに引導を渡した。たった、それだけのこと。しかし、彼女の愛息はどうなるのだろうか。やっぱり、気になるなぁ。
4) Aのラストサマー、無事に終了したとのこと※。ぱちぱち。私は、家族とキャンプしてました。
5) 「おばあちゃんとおじいちゃんに会いたい」との娘のひと言により、夏期休暇を取って実家に帰ることになりました。娘と2人だけで、しかも飛行機でなんて、初めてだらけの帰郷となります。お父さんとの絆が深まれば良いね。ちなみに、体重を今日測定したところ、13.38kgでした。出生時から、おおよそプラス10kgです。フライトは明日。晴れるといいな。

※セットリストみたら、80年代の曲がほとんどでした。まるで「僕らの全盛期は80年代でした」と開き直ってしまったよう。聞き直してみると、90年代はもちろん、00年代に入っても名曲は出ている。汗涙以前の80年代はレコードの売り上げはあったけども、その後の音楽性、メッセージ性の深まりから、彼らにとってその時代は助走に過ぎなかったことが分かります。特に90年代に出た作品は圧巻の仕上がり、まさしく「円熟期」とと言えます。チケット取れなかった私のお仲間3000人が場外エリアに大挙したとのこと。このバンドの底力を感じます。集まった往年のファンのためにも、「星降る夜に」はぜひ演奏して欲しかった。私は全部で6回(1991,1992,1993,1994,1996,1998)参加できました。本当に、ありがとう。

某巨額グラント

某巨額グラント申請の結果が出たが落選のもよう。そもそも中心研究者として発ったボスは当初から現実を理解しており、採択される可能性は先ずないと考えていた。しかし、お上の勧めでやむを得ず申請し、私も一部協力するはめになった。驚くべきことは、今回の申請での協力者の一部に、一次審査は通るだろうと予想していた人たちいたことだ。彼らの予想の根拠は唯一、「お上の勧めがあったこと」だ。申請数を増やしておけば研究者の需要が大きいことになるから、巨額グラントの意義を国民に説明する場合の好材料となる。S特区の時と同じく、お上の意図はその程度の事だったのだ。「お上の勧め→優遇処置がある」という論理展開はあまりに前時代的で稚拙だ。Nature, ScienceやCellに１報は出ていないと一次審査すら難しいと悲観的(結果が出た今となっては「現実的」ということだったが)な私とは対象的であった。見通しが甘い人たちと今後も一緒に仕事していくのは難しいと感じた一方で、やはりボスは、見所があると思った。ボスがリタイヤするまでは出来ればこのプロジェクトにいたいと思う。

書評：内田 麻理香著 恋する天才科学者

 市立図書館の科学書コーナーで見つけました。控え目な背表紙が並ぶ中、ひときわ目立つポップ・アートな装丁に目が止まりました。タイトルは「恋する天才科学者」。ぱらぱらとめくると、歴史的な科学者たちの一般向け伝記のようでした。こうした伝記物は大好物ですし、このところ読書は専ら息抜きのためにしているようなものなので、さっそく借りて読んでみました。タイトルからも連想できるとおり、科学者たちの恋愛を中心としたウラ話満載の、興味深い良書でした。著者の女性的な筆はこびが印象にのこりました。この内田女史、時に「科学史ガール」、時に「単なるミーハー」に為り変わり、痛快に科学者たちの知らざれる過去を暴いて行きます。E.シュレーディンガーの章は衝撃的でちょっとひいたりしました。W.ハイゼンベルクの方が余程まともではありませんか。個人的な印象（思い込み）とは全く違うのがおもしろかったです。N.ボーアは期待通りの人物像でほっとしました。大学院生の頃だったと思いますが、ボーアの著書のあまりの難解さに己の頭の悪さを恨み愕然とした記憶がありますが、彼は説明が上手い人物ではなかったという事実（？）をこの本で知り、納得したような、安堵したような気持ちになりました。W.パウリが相対性理論の解説を残していたとは知りませんでした。排他原理の一発屋（失礼。これだけでもすごいことです）だと思っていたのですが印象が改まりました。日本人では南方熊楠が取り上げられていました。天皇陛下に献上した標本入りのキャラメル箱、彼の人物象の描写には欠かせない逸話です。R.ファインマン贔屓は研究業界には多いわけですが、著者の入れ込みようはまさに「恋する乙女」。「ファインマンさん」伝記シリーズから入ったのではなく、彼の教科書で惚れ込んだということですから、筋金入りのファインマン･ファンクラブ会員（！）ということでしょう。ニュートンやファラデー、アーベルといった近代科学者･数学者たちの章もあります。ガロアの章、結びの「1ｋm離れて見ていたい」は思わずあははと笑いました。悲劇的なガロアの生涯は、どんな本でも鎮魂歌的になりがちですので、余計に可笑しかったです。参考文献も非常に良くできています。著者の徹底的な調べあげなくしては、ここまで楽しい本にはできなかったと思います。
　この書評は、読了後１週間で思い出しながら描いていますが、まだまだ書けそうです。好印象だったのは、科学者たちの権威失墜を狙ったものではなく、彼らへの愛に満ちあふれていることです。書き方でよく分かります。敢えて難点を上げるとすると、宇宙人V.ノイマンは外せなかったかなと思います。よって、続編を希望します。

近況

1) 先週の３連休は申請作業のため２日間仕事した。明日も仕事。
2) 梅雨が明けても良いころなのに、天気がすぐれません。明日も雨らしい。
3) 職場でとうとう諍いが。挑発にはのらないように気をつけて欲しいものだが、残念。忙しい時は、コーラは控えた方が良い。眠い時でもカフェオレがちょうど良い。
4) 先週の土曜日に、娘とプールに行きました。浮き輪をひっぱってあげると喜ぶ。そのうち自分で引っ張るといいだした。自分が浮き輪の中にいちゃ、ひっぱっても進まないでしょ。

近況報告

1)娘は久し振りに一時保育。今日は終日雨のようだけど、お部屋の中で過ごせるかな。昼寝はちゃんとしてくれないとね。送る途中で朝の渋滞にまきこまれたそう。お疲れ様。
2)娘のおむつはずしスタート。来春の社会参加（幼稚園入学）に備えるのです。おむつとパンツ、両者の長所短所を理解しているのか、パンツを勧めてもしばらく迷ったような素振りを見せます。
3)「すっく」で「まいにちの靴　キャンパス」をリピート購入。16cmは大きかったかな。でも小さいサイズを買うとすぐに買い替えになるし。。娘はとても気に入ったよう。靴を勝手に下駄箱にしまい、一時行方不明になった。家内と探していると、「ここよ、ここ」と自分で下駄箱から出してきた。
4) 職場の緊張感。私にも原因が？良い結果に向かうことを祈る。
5)　先日の書評「されど我らが日々」を振り返った。私は著者の文章力に嫉妬しているのだろう。ここに白状しておく。

このブログでは「近況報告」=「最近のこと」。適当です。

最近のこと

1)また窓を開け放しにして外出してしまったらしい。幸い何も盗られなかったようだが、家内はもちろん＊かんかん＊なわけで。そりゃ怒られるのも当然なわけで。ひたすら反省。我ながら間抜けですなぁ。静かだと考え事をしてしまうらしい。玄関のドアに覚え書きを書こう。そして盗人退治のため巧妙なワナをしかけよう。

2) ある人の欠点ばかり見ていると、その人との関係が悪化していくので、良いところも見よう。それでも許せないなら、距離を置いてみよう。そんな話を家内にしてみた。

3)Debussyが予想以上に良いです。Straussはまあまあです。美しき青きドナウはTVCMや街頭の音楽などで食傷気味だけど聞き込んでみると心地よい